زیدان بازیکن آرام و متواضعی بود و برخی از موضوعات در تیم مادریدی برای او غیر قابل درک بود. او در نخستین ماه حضورش در این تیم به فلورنتینو پرس (رییس باشگاه) اعتراض و از فیگو گلایه کرد. بازیکن فرانسوی به خاطر لذت فوتبال بازی می‌کرد و به همین خاطر زمانی که پی برد شرایط در مادرید در حال بدتر شدن است تصمیم گرفت یک سال زودتر از پایان قراردادش یعنی آخر فصل ۰۶-۲۰۰۵ از فوتبال خداحافظی کند.

او در آخرین فصل بازی‌اش جام جهانی که فرانسه مدافع عنوان قهرمانی بود را پیش رو داشت. فرصت خوبی برای زیدان بود که دوران درخشانش را به بهترین شکل ممکن به پایان برساند. فرانسه به فینال رسید و باید برابر ایتالیا قرار می‌گرفت. زیدان نمایش درخشانی در این رقابت‌ها داشت و هیچ ستاره‌ای نمی‌توانست او را زیر سایه‌اش قرار دهد. هافبک فرانسوی کاملا شایسته دریافت عنوان بهترین بازیکن جهان را داشت و در دیدار نهایی از روی نقطه پنالتی با یک ضربه چیپ توانست برای فرانسه گلزنی کند. همچنین می‌توانست با ضربه سری که جیان‌لوییجی بوفون مهار کرد، تیم قهرمان را تعیین کند. با این حال بازی به وقت‌های اضافه کشید و آن صحنه تاریخی رقم خورد؛ اتفاقی که هافبک فرانسوی دوست دارد از گذشته‌اش پاک کند. مارکو ماتراتزی خشن ایتالیایی که گل مساوی را به ثمر رسانده بود، پیراهن زیدان را چند بار کشید. بازیکن فرانسوی به او گفت: اگر پیراهنم را می‌خواهی، از من درخواست کن، در پایان دیدار آن را به تو خواهم داد اما ماتراتزی با توهین به خواهر زیدان پاسخ بازیکن فرانسوی را داد.

در فرهنگ زیدان چنین حرفی غیرقابل تحمل بود و جواب او نیز عمق این موضوع را نشان داد. هافبک پیشین رئال مادرید ضربه سر محکمی را به بالای قفسه سینه مدافع ایتالیایی زد که منجر به زمین خوردن ماتراتزی شد. این اتفاق در دقیقه ۱۱۰ رخ داد و تنها ۱۰ دقیقه به پنالتی‌ها و پایان دوران ورزشی بازیکن بزرگی مانند زیدان باقی مانده بود. اکیو ایزوندو این صحنه را ندید اما مدینا کانتالخو، داور چهارم او را متوجه این اتفاق کرد. زیدان اخراج شد. دوران بازیگری هافبک فرانسوی ۱۰ دقیقه زودتر به پایان رسید. جایزه بهترین بازیکن جام، توپ طلا و بهترین بازیکن سال فیفا از دست رفت. بازی در ضربات پنالتی دنبال شد و ایتالیا به عنوان قهرمانی دست یافت. تمام افتخارات آن بازی و آن سال به فابیو کاناوارو، کاپیتان ایتالیا رسید. این پایان غم‌انگیزی برای یکی از بزرگترین بازیکنان تاریخ فوتبال بود.